Probióticos tem efeitos colaterais. Certamente existem resultados promissores do consumo de probióticos, seja através de alimentos ou suplementos, usando cronicamente sob orientação clínica. No entanto, algumas pessoas podem apresentar sintomas temporários como gases, cólicas, inchaço e sensação de estufamento abdominal. Esses efeitos são poucos, e provocados pela fermentação que as bactérias realizam no intestino. Por outro lado, em pessoas com inflamações intestinais, por exemplo, estudos mostram que o uso de probióticos pode não ser tão positivo, caso a barreira intestinal já esteja danificada, isso porque, os probióticos são bactérias que ao extravasar para fora do intestino, podem gerar respostas inflamatórias básicas e infecções no organismo.